Análisis de Single-Cell RNA-seq para un Laboratorio de Investigación en Chile
Visión general
De qué trata este proyecto.
Implementa el pipeline en Python con Scanpy: control de calidad por célula y por gen, normalización, selección de variables, integración entre muestras con scVI (Single-cell Variational Inference) para corregir batch effect, clustering Leiden, anotación con CellTypist y marcadores conocidos de pulmón. Genera plots UMAP, dot-plots de marcadores y un reporte HTML con Jupyter Book o Quarto. Documenta versiones (conda lock file) y semillas para reproducibilidad. Compara tu integración con un baseline sin corrección. Entrega pipeline, reporte y comparativa.
El Briefing
Lo que harás y lo que demostrarás.
Construir un pipeline scRNA-seq reproducible con integración entre muestras y anotación celular, entregando reporte HTML compartible y comparativa contra baseline sin corrección.
Earning criteria — what you'll demonstrate
- Aplicar QC scRNA-seq con criterios defendibles (gene count, MT%, doublet detection)
- Integrar muestras con scVI y evaluar corrección de batch effect
- Anotar tipos celulares con CellTypist + marcadores manuales
- Producir investigación reproducible end-to-end (entorno, semillas, datos)
Encaje académico
Dónde encaja esto en tus estudios.
Afina las mismas habilidades que tu titulación espera de ti.
Habilidades
Habilidades que demostrarás.
Cada una aparece en tu credencial verificada.
Carreras
Roles para los que esto te prepara.
Títulos reales. Puentes de habilidades reales. Elige el que más se acerque a tu trayectoria.
Trayectorias profesionales que esto construye
Roles canónicosIngeniero de Datos
Construir pipelines reproducibles de datos high-dimensional con integración y reporte es trabajo de ingeniero de datos en biomedicina — perfil con demanda creciente en farma y academia.
Este proyecto afina
- data-integration
- reproducible-research
- python
Ingeniero de Software
Empaquetar análisis científicos como pipelines reproducibles es el músculo que separa al investigador del ingeniero — habilidad transferible a cualquier ingeniería de software con cargas científicas.
Este proyecto afina
- reproducible-research
- single-cell-genomics
- python