Pipeline de Llamada de Variantes para una CRO Farma de Madrid
Visión general
De qué trata este proyecto.
Diseña un pipeline Nextflow para llamada de variantes en una CRO farmacéutica y obtén un certificado verificable.
El escenario
La CRO (alrededor de 65 personas, certificación ISO 17025 en curso) atiende a una farma europea y dos LATAM; un pipeline auditable es prerrequisito para el siguiente contrato — la última auditoría señaló trazabilidad como riesgo principal.
El Briefing
Lo que harás y lo que demostrarás.
Implementar un pipeline Nextflow de llamada de variantes alineado a GATK4 best practices con sensibilidad y precisión > 99% sobre NA12878 y trazabilidad por muestra.
Earning criteria — what you'll demonstrate
- Diseñar workflows de bioinformática reproducibles con Nextflow
- Aplicar GATK4 best practices para llamada de variantes germinales
- Validar pipelines contra truth sets oficiales (NA12878 GIAB)
- Producir trazabilidad por muestra apta para auditoría externa
Encaje académico
Dónde encaja esto en tus estudios.
Afina las mismas habilidades que tu titulación espera de ti.
Alineación con asignaturas próximamente.
Habilidades
Habilidades que demostrarás.
Cada una aparece en tu credencial verificada.
- Bioinformatics
Apply bioinformatics to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Nextflow
Apply nextflow to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Variant Calling
Apply variant calling to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Containerization
Apply containerization to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Workflow Orchestration
Apply workflow orchestration to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Data Validation
Apply data validation to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
Carreras
Roles para los que esto te prepara.
Títulos reales. Puentes de habilidades reales. Elige el que más se acerque a tu trayectoria.
Ingeniero de Datos
Construir un pipeline reproducible y auditable con orquestación, contenedores y validación es exactamente el músculo de un ingeniero de datos en sectores regulados — la transición a bioinformática es directa.
Este proyecto afina
- nextflow
- workflow-orchestration
- data-validation
Ingeniero de Software
Diseñar pipelines modulares contenedorizados con validación frente a truth sets es el patrón estándar de testing de sistemas científicos — habilidad transferible a cualquier ingeniería de software con cargas computacionales.
Este proyecto afina
- bioinformatics
- containerization
- data-validation