Variant-Calling-Pipeline für ein Penzberger Pharmaunternehmen
Übersicht
Worum es bei diesem Projekt geht.
Baue eine Variant-Calling-Pipeline mit Snakemake für ein Pharmaunternehmen und erhalte ein verifizierbares Zertifikat.
Das Szenario
Das Pharmaunternehmen plant, die interne Variant-Pipeline für drei klinische Forschungsprogramme zu konsolidieren; Reproduzierbarkeit ist Voraussetzung für die nächste GxP-Audit-Runde.
Das Briefing
Was Du tust und was Du zeigst.
Wie lässt sich eine moderne, reproduzierbare Variant-Calling-Pipeline so aufbauen, dass sie zwischen Standorten identische Ergebnisse liefert und in unter 90 Minuten auf öffentlichen Beispieldaten läuft?
Earning criteria — what you'll demonstrate
- Eine vollständige Variant-Calling-Pipeline auf einer realen Datenquelle entwerfen
- Reproduzierbarkeit über conda und Container praktisch umsetzen
- Truth-Set-Vergleiche und Confusion-Matrix-Metriken (Precision, Recall) interpretieren
- Workflow-Management-Werkzeuge für mehrstufige Bioinformatik-Pipelines wählen
Studienpassung
Wo dies in Dein Studium passt.
Schärft dieselben Fähigkeiten, die Dein Studium von Dir erwartet.
Studienzuordnung folgt in Kürze.
Fähigkeiten
Fähigkeiten, die Du unter Beweis stellst.
Jede taucht auf Deinem verifizierten Zertifikat auf.
- Bioinformatics
Apply bioinformatics to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Variant Calling
Apply variant calling to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Workflow Management
Apply workflow management to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Reproducibility
Apply reproducibility to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
- Python
Write clean, efficient Python for data processing, automation, and backend services.
- Linux
Apply linux to solve real industry problems and demonstrate production-level capability.
Karrieren
Berufe, auf die dies Dich vorbereitet.
Echte Berufsbezeichnungen. Echte Skill-Brücken. Wähle die, die Deinem Werdegang am nächsten kommt.
Software Engineer
Bioinformatik-Pipelines sind ein wachsendes Anwendungsfeld für Software Engineers in Pharma und Forschung. Reproduzierbarkeit und Workflow-Management lassen sich auf jede mehrstufige Datenpipeline übertragen.
Dieses Projekt schärft
- bioinformatics
- workflow-management
- reproducibility
Noch eine Sache